ISS em Serviços de Saúde (2025): médicos, clínicas e hospitais — incidência, base de cálculo, uniprofissionais, planos de saúde e restituição

Direito Tributário • Atualizado em 04/10/2025 • Leitura: ~14–18 min

ISS em Serviços de Saúde (2025): incidência, base de cálculo, uniprofissionais, planos de saúde, retenção e como reaver o que foi pago a mais

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Sumário

1. 1. Conceito, competência e lista de serviços (LC 116)
2. 2. Incidência: médicos, clínicas, hospitais, laboratórios, cooperativas
3. 3. Local do ISS e retenção pelo tomador
4. 4. Sociedades uniprofissionais (ISS fixo): requisitos e riscos
5. 5. Base de cálculo: exclusões (materiais, próteses, medicamentos, repasses)
6. 6. Planos de saúde e ISS
7. 7. Compliance fiscal: NFS-e, destaque de insumos e cadastros
8. 8. Restituição dos últimos 5 anos (passo a passo + modelo)
9. 9. Riscos comuns de autuação e como evitar
10. 10. FAQ
11. 11. Contato

1) Conceito, competência e lista de serviços (LC 116)

O ISS é de competência municipal e incide sobre a prestação de serviços constantes da lista anexa à LC 116/2003. Para a saúde, a lista contempla consultas, exames, terapias, procedimentos e atividades laboratoriais, entre outras.

• Alíquota varia, em regra, entre 2% e 5% (alíquota mínima nacional de 2%).
• Base receita do serviço, observadas as exclusões legais e jurisprudenciais.
• Lista taxativa (sentido amplo) Municípios não podem inventar novos serviços por analogia.

Essência prática: verifique o item exato da lista (LC 116) onde seu serviço se enquadra — isso define alíquota, obrigação acessória e, indiretamente, controvérsias de base.

2) Incidência por segmento: médicos, clínicas, hospitais, laboratórios e cooperativas

2.1 Médicos

O ISS incide sobre médicos autônomos e sociedades médicas quando prestam serviços a terceiros. Não incide sobre remuneração de médico empregado (relação de emprego).

2.2 Clínicas e Centros de Diagnóstico

Em geral, tributadas sobre a receita bruta. Disputas comuns: exclusão de insumos e repasses a médicos; regime de uniprofissionais quando cabível.

2.3 Hospitais

Controvérsias na base: medicamentos, materiais, próteses/órteses e uso de equipamentos. A tendência é permitir exclusões quando há fornecimento comprovado e discriminação em documento fiscal.

2.4 Laboratórios

Atividades laboratoriais são serviços alcançados pelo ISS, ainda que envolvam insumos. Organização de processos e notas é essencial para discutir base.

2.5 Cooperativas médicas

Repasses aos cooperados não constituem integralmente receita própria para base do ISS. Diferencie remuneração da cooperativa × repasses.

3) Local do ISS e retenção pelo tomador

Regra geral: o ISS é devido ao município do estabelecimento do prestador, salvo exceções legais específicas (art. 3º). Saúde, em regra, segue a regra geral. Muitos Municípios preveem retenção na fonte para tomadores (hospitais, planos, clínicas). Verifique:

• Contrato e lei municipal sobre retenção;
• Cadastro do prestador no município tomador (CPOM ou equivalente);
• Responsabilidade solidária e multas por falta de retenção.

Atenção: retenções indevidas ou a maior podem gerar pedido de restituição pelo prestador.

4) Sociedades uniprofissionais (ISS fixo): requisitos e riscos

Regime especial (inspirado no DL 406/1968) que permite ISS fixo por profissional, em vez de sobre a receita. Exigências típicas:

• Trabalho pessoal e direto dos profissionais habilitados;
• Responsabilidade pessoal pelos serviços;
• Ausência de elemento empresarial (estrutura complexa, escala industrial, mercantilização);
• Respeito às regras específicas municipais.

Risco de autuação: desenquadramento por “elemento empresarial” (plantões massificados, estrutura hospitalar, múltiplas unidades). Em desenquadramento, Municípios recomputam ISS sobre a receita com multas e juros.

5) Base de cálculo: o que pode ser excluído (e como provar)

Item	Exclusão da base?	Como demonstrar
Medicamentos	Sim, em tese (quando caracterizado fornecimento)	Discriminar em NFS-e; comprovar custo/entrada; correlação com o paciente e o ato.
Materiais cirúrgicos/consumo	Sim, em tese	Nota destacada; contrato/ordem de serviço; lastro de compra/estoque.
Próteses e órteses	Sim, em tese	Identificar o item, número de série/lote; laudo; vinculação ao procedimento.
Repasses a médicos/cooperados	Depende (não constituem integralmente receita própria)	Contrato com profissionais; relatórios de repasse; NF dos terceiros.
Uso de equipamentos de terceiros	Discutível (ativ.-meio)	Contrato de locação/cessão; segregar receitas; evitar mistura em uma única NFS-e.

Chave de êxito: documento fiscal bem estruturado + lastro contábil. Sem discriminação, o Fisco tende a tributar tudo como “serviço”.

6) Planos de saúde e ISS

Não incide ISS sobre a mera intermediação financeira dos planos. O imposto alcança serviços próprios eventualmente prestados pela operadora (ex.: clínicas/centros próprios). A decisão pacificou a linha de defesa dos contribuintes e reorganizou fluxos de retenção.

7) Compliance fiscal: NFS-e, destaque de insumos e cadastros

• NFS-e: use campos adequados para serviço e itens fornecidos; evite descrição genérica.
• CPOM/CPFI (ou equivalentes): cadastre-se quando prestar em outros municípios para prevenir retenções e glosas.
• Contratos: preveja a responsabilidade por retenção, cadastro e documentos de suporte.
• Arquivamento: guarde notas, XMLs, laudos, ordens de serviço e relatórios por no mínimo 5 anos.

Tip profissional: criar “kit probatório” anexável (XML + compras + relatório clínico) agiliza defesas e pedidos de restituição.

8) Restituição dos últimos 5 anos: passo a passo e modelo

1. Levantamento: notas e guias dos últimos 60 meses; planilha por competência (base, alíquota, valor pago, retenções).
2. Identificação de exclusões: separe medicamentos, materiais, próteses/órteses e repasses; cheque notas/contratos.
3. Memorial jurídico: fundamentos legais e precedentes aplicáveis (LC 116; decisões dos Tribunais Superiores; lei municipal).
4. Protocolo: pedido administrativo de restituição/compensação com anexos probatórios.
5. Judicial (se indeferido): ação de repetição com prova documental robusta e planilhas auditáveis.

Modelo curto — Pedido administrativo de restituição